Родился в японском городе Танабэ (префектура Вакаяма)
14 декабря 1883 года
в семье Йороки Уэсиба и Хацу Итокава.
По линии матери был связан с кланом Такэда, хранящим и передающим техники дайто–рю айки–дзюцу.
В разное время, в той или иное мере, изучал различные боевые искусства, такие как: сумо, Тендзин Синьо рю Дзю-дзюцу, дзю-дзютсу Ягю-рю школы Гото, дзюдо Кодокан, Дайто-рю Айкидзюдзюцу , самостоятельно изучал технику копья, с помощью Кийоши Накакура техники меча.
На мировоззрение О-Сэнсэя оказало влияние изучение конфуцианства, буддистские тексты, услышанные в храме секты Сингон от священника Кобо Дайси, и особенно религиозное учение Омото кё, созданное Онисабуро Дегучи, известного идеями о приобретении через медитацию и физические упражнения умиротворения духа и возвращения к божественному началу.
Служил в армии, участвовал в боевых действиях. За отвагу был удостоен сержантского звания.
Во время службы прекрасно освоил штыковой бой, тренируя своё тело стал «тэцудзином» - "железным человеком", при росте 157 сантиметров он весил до 82 килограмм. Во время увольнений посещал додзё Масакацу Накаи, выдающегося мастера боевых искусств Ягю-рю дзю-дзюцу , фехтовальщика мечом и копьем. В 1908 году получил свидетельство, разрешающее преподавать Ягю-рю дзю-дзюцу.
Будучи человеком любопытным и религиозным Морихей Уесиба был знаком и учился у необычных людей того времени. Среди них были эксцентричный Кумакусу Минаката, один из японцев того времени, осмелившихся пересечь океан, посетить Соединенные Штаты, Вест-Индию и Англию. Объединившись, Минаката и Уесиба возглавляли протестное движение, созданное для сохранения святилищ Вакаямы.
Участие в борьбе упрочило дух Морихея Уесибы, и подвигло его к переселению на Хоккайдо, самый северный остров Японии. Благодаря отличным организаторским способностям Морихея Уесибы, не смотря на первоначальные трудности заселение на Хоккайдо было успешным.
Продолжение обрядов, омовения холодной водой (мисоги), в условиях холодного Хоккайдо было сравнимо с подвигом.
Другим духовным учителем Морихея Уесибы стал Онисабуро Дэгути. Из значительных людей в жизни Уэсибы он был самым влиятельным и неоднозначным.
Уесибу в первую очередь интересовали духовные ценности. Дэгути учил, что основой религии является искусство. Задачей Омото-кё было превращение любой повседневной рутины в творчество. Любое творческое начало поощрялось. Считалось, что у всех религий один источник, а такое понятие как национальность в результате исчезнет.
Дэгути утверждал, что настоящим предназначением для Морихея Уэсибы является распространение будо по всему миру, и раскрытие его истинного смысла. В додзё, построенном на территории секты Морихей Уесиба обучал членов Омото-кё.
Февраль 1924 года был выбран Дэгути для совершения "Великого Монгольского путешествия". Дэгути видел в своих мечтах создание "рая на земле" на территории Монголии. Но затея не удалась. Их схватили и приговорили к казни. Связаных их привели на место казни. Будучи уверенными, что земной путь их окончен, пропели прощальные песни. Но неожиданно смертный приговор был отменён.
Вернувшись в Японию, под воздействием нового опыта Уесиба изменился. Занимаясь более чем прежде, О-Сенсэй стал практиковать работу с настоящим оружием. Усердно тренируясь, Морихей Уесиба претерпел некую духовно-физическую трансформацию, названную им чудом просветления. После этого Уесиба начал обладать удивительной силой.
Осенью 1925 года после демонстрации, организованной адмиралом Исаму Такэсита, для высокопоставленных чиновников, Уесиба был приглашён провести обучающие курсы для мастеров дзю-до и кэндо высочайшего уровня во дворце Аояма.
Переехав в 1926 году в Токио, Уесиба приобрёл множество учеников из числа военных и морских офицеров высокого ранга, аристократов и бизнесменов, а также их дочерей. Многие известные бойцы того времени проверяли умение Уесибы, и часто после этого становились его учениками. Основатель дзюдо Кано был восхищен увиденым, о чём отправил Уесибе письмо с просьбой позаниматься с лучшими учениками Кодокана.
В 1931 году в появился постоянный додзё с жилыми помещениями. Появились постоянные, живущие при школе ученики (учи-дэши), стать которыми было довольно сложно.
Уесиба был приглашён для преподавания во все основные военные академии Токио. У него брали уроки члены императорской семьи. Посещал Осаку, давая уроки для полицейских и военных.
В 1948 году, когда Япония начала восстанавливаться после войны, Уэсибой и его последователями была основана организация Айкикай.
После снятия запрета на будо, около 1950 года начались регулярные занятия айкидо. Видение Уэсиба айкидо как не соревновательного искусства, для воспитания духовного и физического совершенства, породило новое поколение учеников. Постепенно японские учителя принесли айкидо во Францию и на Гавайи, и вскоре в хомбу додзё обучались ученики со всего мира.
Уэсиба совершенствовал своё искусство до самой смерти. Создатель Айкидо ушёл из жизни 26 апреля 1969 года в возрасте восьмидесяти шести лет.
Последним напутствием ученикам было:
"Айкидо предназначено для всего мира. В нём нет места ни личным, ни разрушительным целям. Неутомимо тренируйтесь, чтобы принести благо всем".
Памятник Морихею Уесибе.